1583年(明朝万历十一年)古埒城主阿台与明朝军队因走失羊群归属发生械斗。辽东总兵李成梁奉旨平乱。24岁的努尔哈赤现在是辽东总兵李成梁的侍卫，年轻时被父亲建州女真都督塔克世赶出了家门，抚顺富商佟庄主将其收留做了上门女婿，他的妻子佟佳氏是佟庄主的独生女儿，生有一子褚英。
这天，佟庄主病情突然加重，佟庄主临终前紧紧拉着努尔哈赤的手，要努尔哈赤对他说实话：你到底是不是孤儿?你的家到底在哪里?努尔哈赤迟疑再三，并未说出真情，佟庄主停止了呼吸……
佟佳氏虽然悲痛欲绝，却冷冷告诉努尔哈赤，佟家庄园太小，容不下他这个都督的儿子。努尔哈赤悲急交加，发重誓今生今世绝不再骗妻子!就在此时，李成梁派侍卫来叫努尔哈赤速去总兵府。努尔哈赤经不住侍卫催促，只得匆匆离去……
李成梁命令努尔哈赤到山海关去接刚刚在京城考上武状元的儿子李如柏，并且去寻找因为逃婚而离家出走的叶赫第一美女东哥。努尔哈赤率众侍卫赶往山海关，路遇东哥，初次见面努尔哈赤已经被东哥深深地吸引，情急之下努尔哈赤放走了东哥……
李如柏得知父亲率军出征，夜走山路要赶往阵前立功，结果连人带马摔下山崖，幸好努尔哈赤早有防备，舍命救下李如柏。李如柏新娶的小妾那齐娅是图伦城主尼堪外兰的女儿，那齐娅对努尔哈赤的为人和身手钦佩不已，不由得顿生爱慕之情……
太祖秘史剧照
图伦城主尼堪外兰向李成梁报告古埒城主阿台图谋造反，李成梁率军包围古埒城，尼堪外兰说建州都督塔克世和父亲觉昌安率军前来支援，并献上破城之计，李成梁同意，但叮嘱尼堪外兰，塔克世是皇上钦封的二品都督，破城时要千万留意。 努尔哈赤和李如柏火速赶往古埒城，而此时塔克世和觉昌安已经被尼堪外兰设计死于乱军之中。
太祖秘史第2集剧情介绍努尔哈赤和李如柏赶到古埒城前，但为时已晚，古埒城已被明军攻破，满街尸体。李成梁中军帐内，李成梁正为塔克世和觉昌安的死向尼堪外兰发脾气。尼堪外兰百般解释二人死于乱军之中，推托与自己的干系，并向李成梁密告，塔克世的长子长年在外，叫努尔哈赤。李成梁一惊，想不到努尔哈赤现在跟自己又有了杀父之仇。
努尔哈赤在中军帐前，发现自己的父亲和爷爷的尸体，并且从觉昌安的口中得知仇人正是尼堪外兰，努而哈赤大怒，拿出刀欲杀尼堪外兰，那齐娅舍命救下自己的父亲，坐山观虎斗的李成梁无奈示意众侍卫抓住努尔哈赤……
李成梁来牢中看望努尔哈赤。他告诉努尔哈赤自己不能不杀他，努尔哈赤提出要先报仇，再受死，李成梁拒绝，但答应迟早会收拾这个反复无常的小人。
那其娅心中一直爱着努尔哈赤，她不愿努尔哈赤就这样被杀，于是说服了李如柏，李如柏以报救命之恩为名放了努尔哈赤。
李成梁得知努尔哈赤逃走大怒，派兵包围了佟家庄园。努尔哈赤躲过各路追兵，向纳林贝勒和金台吉贝勒借人马攻占图伦城，截杀尼堪外兰。纳林已经盘算把东哥嫁给尼堪外兰，但东哥宁死不从。虽然纳林假意答应努尔哈赤，但说他的骑兵正在外打猎，要努尔哈赤等几天。努很郁闷地喝酒，半醉半醒间东哥来看他，东哥决定帮努尔哈赤渡过难关。
东哥偶遇努尔哈赤的弟弟舒尔哈齐，并和舒尔哈齐一起吹箫，东哥掩饰不住对他的好感。纳林打算要用努尔哈赤换尼堪外兰的几个城池，于是把努尔哈赤抓了起来，准备交给尼堪外兰，金台吉得知后迅速告诉东哥，舒尔哈齐准备救哥哥，东哥劝他不要冲动，让舒尔哈齐用自己当人质，要挟自己的哥哥纳林，救出努尔哈赤。按照东哥的方法舒尔哈齐胁迫着她来到纳林的面前，没想到纳林却不为之所动，东哥用刀将自己刺成重伤，迫使纳林放了努尔哈赤。
