李德和白凝都来到普照寺劝导云馨,却都因说不过云馨无功而返。另一方面,云龙从手下口中得知,一直称赞自己的铁嘴霸王也开始揭露自己的恶性,心中十分不爽,决定找铁嘴霸王算帐。在铁嘴霸王家,云龙被铁嘴连连羞辱,云龙恼羞成怒,要开枪打死铁嘴,可铁嘴却全不畏惧,云龙最终悻悻而去。
谭家麟找到李云鹤,希望李云鹤可以查处袁卓,断了自己的后顾之忧。李云鹤与谭家麟进行了官场上的交易,答应为其处理袁卓,袁卓被李云鹤抓了起来,谭家麟在狱中找到袁卓,告诉他在官场上不仅要会见风使舵,还要懂得"没真的"的三字真言,谭家麟再一次在二人的官斗中占了上风。
此时,李云鹤接到上级的命令,上级要求由保密局护送济南城防计划图到南京,李云鹤将此次任务交给了李云龙,与被押送到南京的袁卓坐同一班火车。于此同时,白凝也截获了云龙送城防图的消息,云飞决定亲自动手从云龙手中截取城防图。
云飞早早上了火车,不想巧遇也要南逃的绿牡丹。
云飞在火车上观察站台上云鹤和云龙的活动,看到装城防计划图的箱子被铐在了云龙手上。云飞正盘算如何动手之时,不料行踪却被云龙察觉。在绿牡丹的安排下,云飞躲了起来。
云龙带乘警对车厢进行地毯式搜查,不想看到了乘坐同班火车的绿牡丹,云龙心知绿牡丹对云飞有爱恋,决定从绿牡丹处一探究竟。
新燕子李三第39集剧情介绍绿牡丹一再用言语挑逗云龙,使云龙意乱情迷,在不知情的情况下喝下了云飞已在杯子上下药的洋酒,晕厥过去。云飞打开云龙手中的箱子却发现箱子中没有城防计划图,这时他才回想起李云鹤交给押送袁卓军官的公文包,城防图一定在那里。
云飞找到押送袁卓的包厢,拿到了城防计划图,不料这时云龙从昏迷中醒来,拿枪挟持住了绿牡丹,云飞与云龙进行了一场恶战,最终云龙被云飞踢出车厢,而绿牡丹为了救云飞也献出了生命。
绿牡丹的死令向来冷血的谭家麟也感到悲痛,不想这一事件却被袁卓利用,他带着党通局的人闯入谭家麟的办公室,以谭家麟老婆绿牡丹通共截取济南城防计划图一事将谭家麟逮捕。至此谭家麟因绿牡丹最终在与袁卓二人的官斗中败下阵来。
与此同时,共产党已占领济南,云龙跑回保密局,发现此时李云鹤早已逃跑,李云鹤留下信件安排云龙带手下到南部山区潜伏。临走前云龙来到秋红住处与秋红道了别。云龙带着手下在逃跑的过程中,不料碰到了李德,李德让云龙和他到师父的灵堂前向师父认错。谁知,李德早已在灵堂里设下重重机关,李德的重重机关将李云龙困在了灵堂,云龙吃力躲闪,但因其轻功而毫发无伤,李德遂决定于云龙同归于尽,引爆了灵堂里的炸药,炸毁了灵堂,没想到云龙逃了出来,云龙恼怒,决定杀了师叔李德,不想此时云飞已赶来,云龙逃之夭夭。云飞要带李德回家,不料李德口吐鲜血,才知在灵堂里已被云龙击中要害,就此死在李显坟前。