于守业请周胜衣到学习班询问小莲的情况，小莲只说自己要好好改造，对她跟于守业的事情只字不提。于守业跟周胜衣推测，小莲一定是出了什么事但又猜不出是什么原因，周胜衣感叹他们俩是有情人难成眷属。
于守业一大早紧张地到东浦古渡取03传递的字条，急匆匆赶回学校碰到了被军管会请来给小莲检查身体的佟书琪，佟告诉于守业小莲怀孕了。于守业追问小莲到底发生了什么事，小莲哭诉朱化承在八公山上给自己注射了迷幻药而使她怀了孩子。
朱化承乔装改扮成挑担子卖菜的来到弟弟朱光承的家，告诉朱光承和梅姐他一路逃到了南京，不料上峰把陆城失守的责任扣在他一个人头上要治他的罪，无奈之下只好潜逃回陆城先躲一躲，另外，还想见到小莲给她金条让她过舒服日子。
于守业征得周胜衣的同意，搬到合盛戏班住下来，周胜衣夸赞于守业能够不嫌弃小莲怀了朱化承的孩子还愿意跟她成亲，真是有肚量有见识。于守业按从东浦古渡取的字条上的命令到运河边接头，见到一个用帽子盖着半边脸的瘸腿人自称是038。他交给于守业一包东西之后就神秘地划船走了，于守业回到住处发现叫自己保管的这一包东西竟然是炸药。军管会鉴于小莲有了身孕叫她提前结束了学习班的生活。小莲回到戏班，周胜衣让她安心养胎，小莲说自己不会要肚子里的孽种的。
于守业提出要和小莲成亲，小莲拒绝。于守业半夜惊醒发现小莲拼命地在戏台上翻跟斗，小莲是想流掉肚子里的孩子。于守业劝小莲顾惜身子，生下这个孩子他会视作己出的。佟书琪来给小莲检查身体，问于守业是否还会奉子成婚，因为有流言蜚语说孩子是朱化承的。于守业和小莲矢口否认，并表示下个月他们就成亲。于守业按字条的命令深夜来到河边，终于见到了03，但他带着礼帽和口罩伪装得难以辨认本来面目。
特务037第8集剧情介绍小莲深夜等于守业回来，得知他成了潜伏特务而惊恐担忧。于守业安慰小莲，寄希望正在进行的北平和谈能有结果，自己就好脱离特务组织跟小莲过太平日子了。
侦察连副连长牛振亮带着马云和熊少春两名排长到军管会向鲍国义处长报到，他们从部队转到陆城的政保科工作，负责抓捕潜伏特务，维护新政权的稳定。
李玉芬请于守业写对联庆乔迁之喜，无意中提到解放军要离开陆城。于守业按照03布置的任务把这一消息用字条传递给他。038来到于守业的住处取走那包炸药。于守业暗中跟踪038到了水厂门口，判断出特务们要炸水厂，急忙赶到李玉芬家叫她把这个情况报告给军管会。03请朱化承和朱光承参加炸水厂的特务行动破坏活动，结果中了解放军的埋伏。朱光承被打死。朱化承认为是03的失误导致了弟弟的死，带枪找03兴师问罪。038举枪对准朱化承解了03之围，原来038是聂登奎。
为了加强反特工作的力量，军管会党委从苏北调来有城市斗争经验的骆萍兰到政保科。鲍国义和大家一起分析敌特企图炸水厂的行动，肯定了于守业通风报信的举动。他指派牛振亮跟李玉芬去看望于守业，感谢他及时提供了特务炸水厂的情报。于守业紧张之余谎称自己是出于良心，实在不忍看到水厂被炸而导致陆城的老百姓没水吃。
解放军一举突破长江防线，于守业钦佩得民心而得天下的共产党，认为解放军渡江胜利之后保密局不会再找自己参与特务活动了。朱化承听完广播意识到陆城是再也不可能回到他的手里了，他拿出五根金条给梅姐，连房子也一起给了她，自己离开陆城去乡下躲避。
特务037第9集剧情介绍于守业到学校见到校长刘习文，二人为解放军占领南京兴奋不已。
梅姐找到过去姘居的何锦容，二人重修旧好。梅姐来到涌泉巷七号见03，汇报说她已经使何锦容对自己百依百顺，03警告梅姐不要在床上一快活就什么都对何锦容讲，要有所保留。
小莲突然进了医院，于守业从周胜衣口中得知小莲排戏的时候摔了一跤，可看到小莲的神情，于守业明白这是小莲想流掉肚子里的孩子故意为之。在场的佟书琪也知道了小莲确实怀的是朱化承的孩子。正巧李玉芬来医院跟佟书琪确认自己怀孕了，她劝小莲放下顾虑并热心地张罗于守业和小莲的婚事。于守业跟小莲完婚。婚后的日子相对平静，03传递给于守业的字条都是空白的，这让他悬着的心总算放下了。戏班的住处被派作它用，在李玉芬的热心帮助下，于守业和小莲及周胜衣两家人搬到了珠帘街十八号的院子里住下来。
中华人民共和国成立，鲍国义和同志们欢欣鼓舞，他同时提醒大家，在拿枪的敌人被消灭以后，不拿枪的敌人依然存在，他们必然地要和我们作拼死的斗争，我们决不可以轻视这些敌人。于守业听完广播，把哥哥留下的手枪、委任状及翻密码用的《古文观止》统统藏了起来，希望从此开始新的正常生活。刘习文让于守业在学校庆祝新中国成立的大会上代表教师发言，于守业感受到了新政权组织的关怀和信任。小莲为于守业操办过生日，月光下小莲动情地为于守业唱歌。
于守业本以为可以把误入特务组织这一小端经历暂时忘掉，不料又接到了03传递命令的字条。梅姐向何锦容讲明保密局给他们钱花是要何锦容替保密局做事，何锦容贪恋梅姐的美色一口答应。
